O projeto original da Faculdade de Educação foi concebido sob orientação do educador Anísio Teixeira, um dos idealizadores e fundadores da Universidade de Brasília, e então Reitor da UnB, em 1963. A FE que existia no Plano Orientador da UnB não se implantou de imediato. Em conseqüência da intervenção militar na Universidade de Brasília, (ocupada no dia nove de abril de 1964) - e de uma série de outras circunstâncias políticas nesse período, a FE somente começou a ser efetivamente implantada em 1966. Quatro anos depois estava em pleno funcionamento, tendo definidos seu estatuto e regimento, e oferecendo curso de graduação em Pedagogia, que foi reconhecido em dezembro de 1972. Em consonância com a Lei de Diretrizes e Bases em vigor, o curso oferecia várias habilitações: Magistério do 2º. Grau, Supervisão Escolar, Orientação Educacional, Administração Escolar, Inspeção Escolar, e a partir de 1975, Tecnologia Educacional.

O mestrado foi implantado oficialmente em 1974, com duas áreas de concentração: Educação Brasileira e Planejamento Educacional e, posteriormente, Currículo. Atualmente, a Pós-Graduação inclui o Doutorado e define as três áreas como Aprendizagem e Trabalho Pedagógico, Políticas Públicas para a Educação e Tecnologias na Educação.

Em 1988 foi realizada uma reforma curricular, fruto de demorada discussão. Em 1994 a Faculdade de Educação iniciou a oferta do primeiro curso noturno de graduação na UnB. Nova reformulação curricular foi realizada e está em vigor desde 2003. O atual Projeto Acadêmico também resultou de vários anos de discussão pela comunidade acadêmica da FE. Em razão desse processo, que se desenvolveu ao mesmo tempo em que se discutiam nacionalmente as Diretrizes Curriculares Nacionais do Curso de Pedagogia, o novo currículo já reflete, em grande parte, as diretrizes que vigoram desde abril de 2006.